Quantification of Bacteria Residing in Caenorhabditis elegans Intestine
M. Fernanda Palominos, Andrea Calixto
Abstract
Quantification of intestinal colonization by pathogenic or commensal bacteria constitute a critical part of the analysis to understand host-microbe interactions during different time points of their interplay. Here we detail a method to isolate non-pathogenic and pathogenic bacteria from C. elegans intestines, and classify gut phenotypes induced by bacterial pathogens using fluorescently-tagged bacteria. Furthermore, these methods can be used to isolate and identify new culturable bacterial species from natural microbiomes of wild nematodes., [ 摘要] 量化中肠道定植通过致病或者共生细菌构成一个关键部分中的分析要了解主机微生物相互作用在不同的时间点中他们的相互作用。在这里我们详细介绍一个方法要隔离非致病性和致病性细菌从C. 线虫 肠，而且分类肠表型诱导由细菌病原体使用荧光标记的细菌。此外，这些方法可以被用于为了隔离和识别新的可培养的细菌种类从天然微生物组中野生线虫。[ 背景] 在该野生，线虫是否暴露为一宽品种中细菌和真菌群落（Frezal 而菲利克斯，2015年）。在实验室条件下，该线虫C. 线虫已被历史维护在一个单一食物源（布伦纳，1974年）。^ h H但是，该蠕虫被冲击下随着各种致病菌和一个增加数中的非- 病原细菌中多样化的营养质量（Garsin 的Et 铝，。2003 ; Gracida 而Eckmann，2013 ; 德克森的Et 铝，。2016 ; 麦克尼尔的Et 铝。，2013 ; 谭的Et 铝，1999年）。C. 线虫胚胎能要提取从妊娠雌雄同体通过使用次氯酸钠处理。这个过程省去细菌允许的新世代要被暴露游记要一个微生物吨。他的优势提供了一个独特的框架为了研究宿主与微生物相互作用。遗传易处理中的线虫和细菌允许为了研究真核生物（Garsin 的Et 铝，2003）和原核（加拉格尔和Manoil，2001）基因功能在不同的时间点在这个动态 相互作用。 在回应中C. 线虫为不同的细菌取决于在这两个主机防御和细菌毒力机制（卡萨德沃尔而Pirofski，2003 ; 休斯和Sperandio是，2008年; 卡萨德沃尔，2017年。）可量化的生理输出（麦克尼尔等人，2013年，塞缪尔等。，2016）和行为反应（张等人，2005年; 金等人2016 ;. Palominos 等人。，2017）为了一个品种中的微生物有去过。报道的一个重要组件中的研究中细菌虫互动是在量化中的肠道细菌负荷作为好作为的能力中的细菌为殖民统治的动物的肠道。罗德里格斯阿亚拉等人（2017）解释如何为孤立营养和抗孢子中芽孢杆菌从蠕虫的胆量。Palominos 的Et 铝。（2017）描述两个独立的方法要ACCUR Ately Quantify的细菌定植能力在C. elegans的。在这里我们扩展在该方法用在该后者。 在这个协议我们首先描述一个方法要隔离细菌从肠衣中蠕虫生长在非致病性（E. 大肠杆菌OP50 或者OP50-GFP）和病原（沙门氏菌鼠伤寒沙门氏菌14028，MST1 或者MST1-GFP）的细菌。我们随后进行量化的殖民地形成单位（CFU）作为测量中单个菌落数目前在该肠中的动物。其次，绿色荧光蛋白（GFP） -表达的细菌正在使用要资格的学位中肠道定植。所有中，这些构成可靠的方法要测量存在中完整细菌和学位中定植中C. 线虫肠。此外，该协议是一个简单的方法要测量定植通过任何细菌这是可培养或者标记用荧光标记（例如，有益的或者天然细菌同居者中野线虫）。这可能带领到正确识别中食物来源为种植其他非培养的线虫，作为好作为要研究在一个P ETRI菜如何线虫涉及到他们的自然共生。最后，这些方法ç Onstitute 一个方式要研究在活体相互作用之间的细菌和其生活主机为几个世代。