Optimization and Validation of HIrisPlex Panel for Predicting of the Eye and Hair Color
İlksen TAVACI, Sümeyye Zülal Şimşek, Veysel Sapan, Cemaleddin ARSLAN, Faruk Aşıcıoğlu, Gönül Filoğlu, Özlem Bülbül
Abstract
Amaç: Günümüzde olay yerinden gelen biyolojik örneklerin kimliklendirilmesinde, şüphelilerin bulunamadığı vakalarda veya toplu felaket kurbanlarının kimliklerinin belirlenmesinde, biyolojik kalıntılardan kişilerin fiziksel karakterini belirlemek mümkün hâle gelmiştir. Tek nükleotid polimorfizmi [single nucleotide polymorphism (SNP)] belirteçleri ile kişinin dış görünüşüne ait bazı fiziksel özellikleri [Externally visible characteristics (EVCs)] (göz, saç, ten rengi gibi) belirlenebilmektedir. Walsh ve ark. tarafından geliştirilen 24 SNP lokusu içeren HIrisPlex paneli ile göz ve saç rengini yüksek olasılıkla tahmin etmek mümkündür. Bu çalışmanın amacı, HIrisPlex panelinin mini sekanslama (SNaPshot) yöntemiyle optimizasyon ve validasyon çalışmasını yaparak laboratuvarımızda çalışılmasını sağlamaktır. Gereç ve Yöntemler: Optimizasyon ve validasyon çalışmalarında pozitif kontrol DNA örnekleri ve 6 bireye ait DNA örnekleri kullanıldı. HIrisPlex panelinin SNP belirteçlerinin belirlenmesi için mini sekanslama yönteminde SNaPshot kiti (Thermo Fisher Scientific) uygulandı. Örnekler ABI 310 Genetik Analizör cihazında yürütüldü ve analiz edildi. HIrisPlex panelinin validasyonunda analiz eşiği, hassasiyet, tekrarlanabilirlik ve tekrar üretilebilirlik parametreleri çalışıldı. Çalışmamızda yeni nesil sekanslama [next generation sequencing (NGS)] yönteminden ve kapiller elektroforezden elde edilen genotip sonuçların karşılaştırılması yapıldı. Saç ve göz rengi tahmininde, multinominal lojistik regresyon modeli (https://hirisplex.erasmusmc.nl/) kullanıldı. Bulgular: Çalışmanın validasyonunda hassasiyet limiti 0,25 ng ve 110 rölatif floresan ünitesi olarak belirlendi (LOD). Tekrarlanabilirlik, tekrar üretilebilirlik çalışmalarının sonuçlarında aynı genotipler elde edildi. İki farklı kapiller elektroforez cihazında (ABI 310 ve ABI 3130) gözlenen alellerin uzunlukları arasındaki farklar belirlendi. NGS yöntemi ile kapiller elektroforez sonucu elde edilen genotipler arasında farklılık saptanmadı. Çalışılan örneklerin bilinen göz ve saç renkleri ile bu çalışma sonucunda yapılan tahminlerinin XY5 örneği haricinde uyumlu olduğu görüldü. Sonuç: Araştırma sonucunda, HIrisPlex panelinin optimizasyon ve validasyon çalışması başarı ile gerçekleştirilerek laboratuvarımızda en uygun çalışma koşulları belirlenmiştir.