Identifikasi Bakteri secara Molekular Menggunakan 16S rRNA
Shafa Noer
Abstract
Identifikasi bakteri secara molekular saat ini banyak dipilih oleh para peneliti diberbagai bidang terkait berbagai keuntungan dan kemudahan yang ditawarkannya. Salah satu metode identifikasi bakteri yang paling umum digunakan adalah dengan menggunakan penanda gen 16S rRNA. Panjang urutan gen 16S rRNA adalah sekitar 1.550 bp dan terdiri dari daerah yang dilestarikan ( conserved regions ). Beberapa keuntungan dalam identifikasi menggunakan 16S rRNA adalah dapat mengidentifikasi bakteri yang tidak dapat dikultur, memiliki tingkat akurasi yang tinggi, waktu yang dibutuhkan relatif cepat, dan lain-lain. Disamping berbagai kelebihannya, ternyata metode ini juga memiliki beberapa kekurangan diantaranya tidak sesuai digunakan untuk spesies tertentu. Langkah identifikasi bakteri menggunakan 16S rRNA secara umum adalah ekstraksi DNA, amplifikasi daerah 16S menggunakan PCR, visualisasi gen menggunakan elektrofesis, sekuensing, dan mengolah data hasil sekuensing dengan bioinformatika.