Viral Double-Stranded RNA Detection by DNase I and Nuclease S1 digestions in Leishmania parasites
Nathalie Isorce, Nicolás Fasel
Abstract
Many RNA viruses are found in protozoan parasites. They can be responsible for more serious pathology or treatment failure. For the detection of viral double-stranded RNA (dsRNA), sequence-dependent and -independent methods are available, such as quantitative real-time PCR and immunofluorescence, dot blot, ELISA or sequencing. The technique presented here is sequence-independent and is well detailed in the following protocol, taking the example of Leishmania RNA virus (LRV) in Leishmania guyanensis (Lgy) species. To summarise, the protocol is divided into four major steps: RNA extraction from the parasites, RNA purification, enzymatic digestions with DNase I and Nuclease S1, and visualization by gel electrophoresis. This method can be used to detect other viral dsRNA in other parasites. It provides an additional tool, complementary to other techniques previously cited and it is easy and quite fast to achieve., [摘要 ] 原生动物寄生虫中发现了许多RNA病毒，它们可能导致更严重的病理或治疗失败。对于病毒双链RNA（dsRNA）的检测，有序列依赖性和非依赖性方法，例如定量实时PCR和免疫荧光，斑点印迹，ELISA或测序。此处介绍的技术是与序列无关的，并且在以下协议中进行了详细说明，以利什曼原虫（Legymania guyanensis）（Lgy ）中的利什曼原虫RNA病毒（LRV）为例 概括地说，该协议分为四个主要步骤：从寄生虫中提取RNA，RNA纯化，使用DNase I和Nuclease S1进行图解消化以及通过凝胶电泳进行可视化。该方法可用于检测其他病毒dsRNA它提供了一个额外的工具，可以对先前引用的其他技术进行补充，并且很容易实现。[背景 ] 广泛的多样性RNA病毒中存在的原生动物寄生虫一直都有详细记载（王和王，1991;戈什等人，2011;桑戈等人。2014;碱液等人，2016年Akopyants 等人2016 ; Fernandez- Presas 等人，2017; Grybchuk 。等人。，2018）。此外，这些病毒已经被描述为潜在的毒力因子（Fichorova 等人，2013; EL- Gayar 。等人，2016; 拉特等。，2019）特别值得注意的，存在的内共生体。利什曼原虫RNA病毒（LRV），A 整体病毒科的双链RNA（dsRNA的）病毒，在利什曼原虫Guyanensis （LGY ）加剧利什曼病病（艾夫斯等人，2011;罗西的Et的Al ，2017），费弗斯转移通过诱导白介素-17（哈特利等人，2016），并且也增加了治疗失败的风险（Adaui 等人，2016; Bourreau 。等人，2016; 维埃拉-贡萨尔维斯等。，2019）。这表明在寄生虫中检测病毒dsRNA 的重要性。与quan相比，此处介绍的技术是与序列无关的 实时荧光定量PCR技术，因此可以广泛应用于RNA病毒。该dsRNA检测方案也可以（建议）用于确认（或与之确认）其他独立于序列或依赖于序列的检测方法例如点印迹或PCR（Zangger 等，2013）。该技术与LRV结合使用，但它可用于其他RNA病毒和其他寄生虫（Grybchuk 等，2018）。