Optimizing RT-PCR detection of SARS-CoV-2 for developing countries using pool testing
Mauricio J. Farfán, Juan Pablo Torres, Miguel O’Ryan, Mauricio Olivares, Pablo Gallardo, Jorge Lastra, Carolina Salas
Abstract
La escasez mundial de reactivos para la extraccin de cidos nucleicos y la deteccin molecular de SARS-CoV-2 requiere de nuevas estrategias de mayor rendimiento para el diagnstico de casos sospechosos de COVID-19, especialmente en pases que necesitan aumentar su capacidad diagnstica. La deteccin de cidos nucleicos en muestras agrupadas o pool testing se ha utilizado ampliamente como una estrategia costo-efectiva para el VIH, hepatitis B, hepatitis C e influenza. Adicionalmente, los protocolos que no requieren extraccin de ARN aparecen como una opcin para la deteccin de SARS-CoV-2. En este trabajo, presentamos los resultados de una estrategia deteccin de SARS-CoV-2 en muestras agrupadas, que incluye diferentes mtodos de extraccin de ARN que puede ser una estrategia atractiva para los pases en desarrollo. La agrupacin de 5 muestras mostr variaciones C T en el rango de 1,0 a 4,5 unidades, con una baja probabilidad de obtener falsos negativos, a diferencias de los resultados agregando muestras agrupadas directamente en la reaccin de amplificacin de SARS-CoV-2. En conclusin, la agrupacin de muestras nasofarngeas, demostr ser un mtodo confiable y, por lo tanto, una alternativa para aumentar el rendimiento en el diagnstico de COVID-19 para pases en desarrollo.